ファイルは全てSASS(SCSS)ファイルで作成してください。
ProjectレイヤーのSASSファイルは各階層毎に一つのみ作成してください。(階層があまりにも深い場合はさらにひとつ下の階層ごとにSASSファイルを作成可)
SASSファイルは全てパーシャル化し、コンパイルされるcssは「style.css」一つにまとめてください。この時プラグインのcssも全てまとめられます。
必ずソースマップを別ファイルで生成し、デバッグがしやすいようにしてください。